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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出常见的生态学可溶性，包扩抗肿癌和抵抗毒功效。一般，三萜是使用甲羟戊酸方式组成的，并从自然绿植的和真菌感染中抽取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发过了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析论文范文。该探析发现了三萜类有机化合物野生虫草酸（GA）是按照全自动致力于的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物制品体导出形成的。进行转录组和蛋清质组学能力进十步经历无柄虫草粉菌丝体中DHT形成两类虫草粉酸（GA）的制度化，并据几组学能力检查测量到的不一致性基因组和不一致性蛋清，预测未来DHT 生物制品体合出 GA 的途经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和系统种类

借助对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体来进行转录组测序共到67230个转录本和142915个单dna。在一些单dna中，492被鉴定会为差距表现dna（DEGs），这当中213个表现上浮，279个表现上涨（图1A）。GO聚集了解后，DEGs分动物阶段（BP）、神经神经细胞成份（CC）和原子作用（MF）3类。在BP类型中，现身了前五个子类型：抗菌素进行分解产生阶段，乙酸盐产生阶段和甲酸盐产生阶段;而在CC类型中，神经神经细胞外区、突触pp体、突触机构是前五个亚类。关于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、空气氧化还原系统酶吸附性和酸氨（或酰胺）连到酶吸附性是前五个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG网络信号网络信号环路了解中，前30条聚集度是最高的的网络信号网络信号环路含有27条专属于产生，这当中甲烷气体产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生网络信号网络信号网络信号环路有明显聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功能模块类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄虫草念珠菌菌丝体来核核高淀粉酶含量组学解析，共设敲定了16,457种奇特肽、2606种核核高淀粉酶含量和2588种按量核核高淀粉酶含量。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰状况下，没有你2606种核核高淀粉酶含量中，94种被检验为相互影响体现方式核核淀粉酶（DEPs），在当中52种调整，42种再降（图2A），图2C信息体现了相互影响体现方式核核淀粉酶的聚类研究法解析热图。从GO解析来讲，BP分类信息体现，通常数DEPs直接参与醋酸钠盐新陈排泄的时候、抗菌药葡萄糖阳极氧化反应新陈排泄的时候和治疗药物葡萄糖阳极氧化反应新陈排泄的时候。CC类DEPs在肿瘤组织膜系外区、过阳极氧化反应物酶体和微体中平均水平高，阳极氧化反应还原系统酶渗透性和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性在MF类中DEPs的基数高（图2B）。与转录组结果表现是类似的，KEGG径路解析信息体现，大多数DEPs在新陈排泄中丰度，在当中3条最丰度的手段是光合海洋生物技术中的碳固定的、碳新陈排泄和MAPK信号灯径路（图2D）。不但，能够解析GO资料库的CC对DEPs来亚肿瘤组织膜系精准定位解析和标注（图2E），DEPs大部分的匀称在肿瘤组织膜系质（40.66%）、肿瘤组织膜系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），本体论上是GAs海洋生物技术制成的大部分的方位。

图2|核营养素组的化学发光法探讨和功能键认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物有效的转化和相较比较组获选DEGs和DEPs做了维恩图，有20个地域差异表现什么是表观遗传（图3A）。对转录组和脂肪酸质组中E组和C组共设的DEGs/DEPs对其进行聚类算法阐述，发现了mRNA和脂肪酸质两者有19个调涨什么是表观遗传和9个调整什么是表观遗传，DEGs与它汉语翻译的DEPs表现水准呈正涉及，源于Pearson的涉及常数阐述，在转录组和脂肪酸质组两者的检测到对较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查测量结杲提示，E组和C组1一个DEGs的把你想展现出来水平方向区别特殊，中仅9个为上涨DEGs，俩为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想展现出来潮流与转录类物质析结杲统一。

图3|蛋白酶质组的定量数据分析数据分析和基本功能查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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