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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核怪物技术mRNA中最沉要的转录后绘制,在真核怪物技术的问题和生理性的时候中起着至关更重要的意义。糖尿病患者的认知心里障碍一种不可逆性的精神末梢精神系统的退行性问题,阶段未来发展真是切共识机制还不压根阐释,从而缺失有效的的防控和治愈方式方法。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生态学为其提供m6A甲基化数据分析科技工作,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

的文章命名:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

加盟商组织:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

研究探讨原材料:小鼠脑组织

拜谱展示 科技:m6A甲基化(MeRIP-seq)

小结图:

图1| 绪论图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

理论研究成果

1.DCI小鼠海马中m6A表观遗传表达的变更

理论研究方案员一开始保持了高脂飲食和群体行为认知障碍(DCI)的小鼠模板。为非常相较比较组(n = 3)和DCI组(n = 3)两者彼此的m6A表观遗传组修饰语,理论研究方案员适用MeRIP-seq进行了转录组使用范围内的m6A-seq进行分析。在DCI组的10664个编码查询表观遗传组转录物(mRNAs)中国国民党遇到相较比较组的23713个不相同的m6A峰。优于而下,DCI组症状出23,753个非相同m6A峰。进来,9341个甲基化表观遗传组在相较比较组和DCI组两者彼此相同(图2)。

图2| 相较比较组和DCl组m6a掩盖表观遗传的维恩图

共鉴定费出12715个对比讲解甲基化的m6A位点(DMMSs),这其中60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化含量区分偏态超出对比组。讲解其划分条件会发现m6A峰划分在一小部分RNA中(图3A),并利用其划分的转录领域为下述五组:5'UTR、3'UTR、转录起至位点领域片断、撤消解锁PIN码子片断、起至解锁PIN码子片断和编码查询编码序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和撤消解锁PIN码子左右偏态丰度(图3B)。为了能开展报告格式那些DNA上m6A体现语的领域,分析成员选择了有峰参考文献标注的领域,并旋光度的测定了那些DNA上reads的盖住率。在DCI组中,m6A体现语区偏斜于3'UTR区(图3C)。所有的mRNA内的DMMS都被市场定位到染料体往上面开展报告格式其划分概貌。各个小鼠染料体的m6A体现语谱各个。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的调整

为着开展m6A体现在DCI小鼠中的物理学学效果,学习师从两列下选择包含的DMMS的球蛋白商品编号什么是人类遗传人类dna来进行GO和KEGG进行进行阐述(图4A)。在GO进行进行阐述中,高甲基化什么是人类遗传人类dna在组织上皮神经元膜的的时候 、物理学的的时候 控制、崔化化学活化和杂环有机酸物整合中取得生物生物富集。KEGG通道进行进行阐述体现 ,高甲基化什么是人类遗传人类dna与T组织上皮神经元膜多巴胺肾上腺素受体走势通道、小组织上皮神经元膜非小神经元肺癌和RIG-I样多巴胺肾上腺素受体走势通道关于(图4B)。在低甲基化什么是人类遗传人类dna,GO进行进行阐述体现 在组织上皮神经元膜的的时候 、分泌的的时候 和整合的的时候 中取得生物生物富集有机酸环有机酸物、整合杂环有机酸物和崔化化学活化(图4C)。KEGG通道进行进行阐述阐述了低甲基化什么是人类遗传人类dna与肥厚性心肌病和Hippo走势通道的绑定(图4D)。

图4| 的差异甲基化m6A位点的环路生物富集

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据报告的协同深入分析

那么的研究者将m6A MeRIP-Seq的数据统计信息和前者RNA-Seq的数据统计信息参与联和了解,找到163个mRNA,m6A峰和mRNA标准有明显调整。41种mRNA的m6A和mRNA标准上涨,14种mRNA标准上涨。除外,30个人类人类基因遗传mRNA形容方式上涨,m6A标准上涨,715个人类人类基因遗传mRNA形容方式上涨,m6A标准上涨(图5A)。后来,搭配没事个PPIwifi网络来表示163个人类人类基因遗传数字的血清间的对接(图5B)。

如图已知6右图,GO和KEGG了解主要包括四组:(1) m6A调整,mRNA调低;(2) m6A调整,mRNA调整;(3) m6A调低,mRNA调低;(4) DNAm6A调低和mRNA调整。在GO了解中,m6A调整和mRNA调低的DNA在组织组织消化吸收阶段、果香族化学物质生物制品分解阶段和RNA消化吸收阶段的政策干预中强势聚集。KEGG了解凸显,以下DNA在脂肪多组织酸消化吸收、小组织组织肺肿瘤、丙酸消化吸收和二甲苯酸消化吸收中聚集。而言m6A调整和mRNA调整的DNA,GO了解凸显在亚铁配合、亚胺丙氨酸脱羧酶几丁质酶、天冬氨酸1-脱羧酶几丁质酶和组织组织接连制做负政策干预中聚集;KEGG了解凸显在2型心脏病、脂肪多组织组织组织细胞分子信息径路和胰岛素信息径路中聚集。在GO了解中,m6A调低和mRNA调低的DNA在寡肽配合、谷胱甘肽配合和二硫防金属腐蚀物防腐蚀重置酶几丁质酶中聚集,而在KEGG了解中,这句话在柠檬片酸配置(TCA配置)、丙酸消化吸收和多植物物种凋亡中聚集。在GO了解中,m6A调低和mRNA调整的DNA在胚胎骨髋关节姿态突发、球蛋白激酶几丁质酶系统激活和NADP消化吸收阶段中聚集,在KEGG了解中,m6A调低和mRNA调整DNA在新霉素、卡那霉素和神经系统营养元素细胞分子信息径路中聚集。

图5| m6A甲基化与mRNA表现的联和剖析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG解析

拜谱生物学个人总结

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱菌物提供了m6A甲基化方法的服务,拜谱菌物可提供完善成熟的球蛋白组学、分泌组学、转录组学及其几组学结合产品的科技售后服务,欢迎致电咨询!

参阅期刊论文:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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